Los 2000:
La vida de los otros
En medio de negociaciones fallidas y del aumento de la violencia del conflicto armado continuaron las agresiones contra medios y periodistas. Los secuestros y asesinatos siguieron haciendo lamentable del oficio en uno de los lugares más peligrosos del mundo para ejercerlo. Sin embargo, aunque sus cifras decayeron para el segundo quinquenio de esta década, la intimidación para los y las periodistas siguió latente. Algunos periodistas fueron vistos como opositores al gobierno de Uribe Vélez, quien aprovechó el aparato de inteligencia del Estado para señalarlos, estigmatizarlos y vigilarlos.
Secuestro de Jineth Bedoya Lima
25 de mayo de 2000
La periodista visitó la cárcel La Modelo para continuar con una investigación de carácter judicial, se suponía que tendría una entrevista con un jefe paramilitar, pero una vez dentro de la cárcel, fue capturada por dos personas, quienes la llevaron fuera de la ciudad. Fue víctima de secuestro, torturas y violencia sexual.
El caso estuvo quieto por casi 10 años debido a la inoperancia de la justicia colombiana. En el 2010, la FLIP asumió la representación de Bedoya y en mayo de 2011 se solicitó que la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) evaluara el caso.
Entre 1998 y 1999, Bedoya había sido perseguida e intimidada por sus investigaciones. La periodista solicitó un esquema de seguridad para ella y su madre, quien también recibió intimidaciones, pero les fue negado.
Desplazamiento de periodistas de Arauca
Arauca, 2003
A finales de marzo, 16 periodistas de Arauca llegaron a Bogotá, después de ser víctimas de amenazas de muerte. Sus nombres circulaban en panfletos de grupos paramilitares y de las FARC, que se disputaban cada centímetro del llano araucano y enfocaron su violencia contra la prensa. Los y las periodistas pudieron salvar sus vidas, a costos laborales, familiares y emocionales, muy altos. Los y las araucanos tuvieron con sus vidas sin información, a la espera de un periodismo ausente, que fue retornando de a pocos, con el arribo de sus periodistas.
Exilio de periodistas
A pesar de las instancias de protección, los y las periodistas eran cada vez más víctimas de violencia. Durante los primeros años de la década, hubo un incremento en los crímenes perpetrados por desconocidos, un suceso que aumentó los índices de desconfianza e impunidad.
Los periodistas que salieron de Colombia fueron Daniel Coronell, Antonio Caballero, Ignacio Gómez, Hollman Morris, Martín Movilla y William Parra, del canal Caracol Televisión, y Eduardo Luque Díaz, de RCN Radio. La mayoría de las amenazas y de los testimonios apunta a los paramilitares.
Persecución del DAS
2009-2010
El antiguo Departamento Administrativo de Seguridad, DAS, lideró la vigilancia e interceptaciones ilegales contra funcionarios públicos, defensores de derechos humanos, sindicalistas y cinco periodistas: Daniel Coronell, Hollman Morris, Carlos Lozano, Gonzalo Guillén y Claudia Julieta Duque. Los seguimientos se realizaron entre el 2002 y el 2008 y fueron hechos contra críticos del gobierno del presidente Uribe.
En 2009, la Fiscalía y la Corte Suprema de Justicia reunieron las pruebas y testimonios de tales acciones para señalar la responsabilidad del Estado. Un año después, la Revista Semana publicó una investigación con los hallazgos. Así mismo, en el 2013, la Corte Interamericana de los Derechos Humanos también denunció los seguimientos en su informe anual de violencias.
En esta década fueron asesinados 45 periodistas por razones vinculadas a su oficio; diez, en 2002.
Fabio Leonardo Restrepo, María Helena Salinas Gallego, John Jairo Restrepo, Carlos José Restrepo Rocha, Juan Camilo Restrepo Guerra, Gustavo Ruiz Cantillo, Guillermo León Agudelo, Alfredo Abad López, Flavio Iván Bedoya (Tovar) Sarría, Yesid Marulanda Romero, Edgar Tavera Gaona, Pablo Emilio Parra Castañeda, Arquímides Arias Henao, José Duviel Vásquez, Jorge (“Jose” según la censura del fuego) Enrique Urbano Sánchez, Eduardo Estrada Gutiérrez, Álvaro Alonso Escobar, Marco Antonio Ayala, Orlando Sierra, Walter López, Héctor Sandoval, Víctor Omar Acosta,
Efraín Varela Noriega, Elizabeth Obando, Mario Prada Díaz, Dennis, Segundo Sánchez Lora, Gimbler Perdomo Zamora, Luis Eduardo Alfonso Parada, José Emeterio Rivas, Guillermo Bravo Vega, Jaime Rengifo Revero, Juan Carlos Benavides Arévalo, José Nel Muñoz, William Soto Cheng, Oscar Alberto Polanco Herrera, Martín La Rotta Duarte, Jairo Alberto Madero Muñoz, Julio Hernando Palacios Sánchez, Rafael Enrique Prins Velásquez, Gustavo Rojas Gabalo, Milton Fabián Sánchez, Atilano Segundo Pérez Barrios, Elacio Murillo Mosquera, Javier Darío Arroyave y José Everardo Aguilar.